मालेगांव मामले में कांग्रेस ने सरकार पर एक बड़ा हमला बोला है। कांग्रेस का कहना है कि मालेगांव के आरोपियों को बचाने में ख़ुद प्रधानमंत्री दफ्तर लगा हुआ है। कांग्रेस ने कर्नल पुरोहित की तरफ से लिखी एक चिठ्ठी पेश कर इस मामले में राष्ट्रीय सुरक्षा सलाहकार की भूमिका पर भी सवाल उठाया है।