ओमेगा-3 फैटी एसिड का अधिक मात्रा में सेवन पेट से जुड़ी परेशानियों का खतरा बना सकता है. शरीर में इसका अधिक मात्रा में होना डायरिया और कब्ज जैसी समस्याओं का कारण बन सकती हैं. इसके अलावा एसिड रिफ्लक्स, पेट में सूजन, डकार और गैस जैसी समस्याएं भी हो सकती हैं.