अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय यानी (एएमयू) के साथ साथ अब जामिया मिलिया यूनिवर्सिटी के अल्पसंख्यक दर्जे पर भी खतरा मंडरा रहा है। जामिया को पांच साल पहले राष्ट्रीय अल्पसंख्यक शिक्षा आयोग की ओर से माइनोरिटी स्टेटस दिया गया लेकिन अब यहां पचास फीसद सीटों पर अल्पसंख्यक छात्रों के लिये रिजर्वेशन और अल्पसंख्यक संस्थान के दूसरे प्रावधानों से महरूम होना पड़ेगा।