एनडीए सरकार के सुप्रीम कोर्ट में यह कह देने से कि वह अलीगढ़ मुस्लिम यूनिवर्सिटी को अल्पसंख्यक संस्था नहीं मानती, एक बड़ा विवाद खड़ा हो गया है। इससे अलीगढ़ मुस्लिम यूनिवर्सिटी और केंद्र सरकार आमने-सामने है। यूनिवर्सिटी का कहना है कि अल्पसंख्यक दर्जा खत्म होने से मुसलमानों की शिक्षा पर बहुत बुरा असर पड़ेगा,
जो इस क्षेत्र में पहले ही बहुत पिछड़े हुए हैं।