अपनी पहचान को लेकर अलीगढ़ मुस्लिम यूनिवर्सिटी और केंद्र सरकार आमने-सामने है। अलीगढ़ मुस्लिम यूनिवर्सिटी ने केंद्र सरकार के उस दावे को खारिज कर दिया है जिसमें कहा गया है कि एएमयू अल्पसंख्यक संस्थान नहीं है। यूनिवर्सिटी के वाइस चासंलर ने कहा है कि संस्थान का अल्पसंख्यक चरित्र यूनिवर्सिटी के लिए जीने-मरने का सवाल है।