देश में कहीं भी हिंदू कट्टरपंथियों के आतंक की घटनाओं में शामिल होने की बात उठती है तो उसके तार सनातन संस्था से जोड़े जाने लगते हैं और उस पर पाबंदी की मांग होने लगती है. हालांकि सनातन संस्था बार-बार अपने ऊपर लगे आरोपों को बेबुनियाद बताती रही है लेकिन साज़िश के तार उससे ही जुड़ते नज़र आते हैं. नालासोपारा, पुणे और जालना से हुई गिरफ़्तारियों के बाद एक बार फिर सनातन संस्था सवालों के घेरे में है. महाराष्ट्र एटीएस का तो कहना है कि ज़रूरत पड़ने पर वो सनानत संस्था के संस्थापक अध्यक्ष डॉ. जयंत आठवले से भी पूछताछ कर सकती है.