भोपाल में हुए एनकाउंटर पर लगातार सवाल उठ रहे हैं. इसमें मारे गए मुजीब के परिवारवालों और गुजरात के कुछ संगठनों ने फर्जी मुठभेड़ का आरोप लगाकर इसकी जांच की मांग की है. आपको बता दें कि मुजीब शेख 2008 में अहमदाबाद में हुए सीरियल बम धमाकों में भी आरोपी है.