नागरिकता संशोधन बिल पर राज्यसभा में जेडीयू के समर्थन को लेकर असमंजस बना हुआ है. लोकसभा में बिल के समर्थन से पार्टी के कई बड़े नेता नाराज़ हैं. प्रशांत किशोर और पवन वर्मा ने बिल को असंवैधानिक और धर्म के आधार पर बांटने वाला बताते हुए नीतीश कुमार से की समर्थन पर दोबारा विचार की अपील की है.