गोविंदा और उनकी पत्नी सुनीता की शादी को अब 40 साल से ज़्यादा हो गए हैं. सुनीता ने सुपरस्टार से तब शादी की थी, जब वह सिर्फ़ 18 साल की थीं. इस शादी से उनके दो बच्चे हैं - टीना आहूजा और यशवर्धन आहूजा. हालांकि, शादी में मुश्किल दौर भी आए.1990 में एक इंटरव्यू के दौरान गोविंदा ने अपनी ज़िंदगी के उस दौर के बारे में खुलकर बात की और बताया कि वह सुनीता के साथ कितने "निर्दयी" थे, जिनसे उन्होंने एक सीक्रेट सेरेमनी में शादी की थी. हालांकि गोविंदा के अपनी को-स्टार नीलम कोठारी के प्रति प्यार की वजह से शादी में दिक्कतें आईं.
"मैं उसकी (नीलम की) तारीफ़ करना बंद नहीं कर पाता था. अपने दोस्तों से, अपने परिवार से, यहां तक कि सुनीता से भी, जिसके साथ मैं कमिटेड था. मैं सुनीता से कहता था कि वह खुद को बदले और नीलम जैसी बन जाए. मैं उससे कहता था कि वह उससे सीखे. मैं बहुत निर्दयी था. सुनीता चिढ़ जाती थी. वह मुझसे कहती थी, 'तुम मुझसे इसलिए प्यार करते हो क्योंकि मैं जैसी हूं, मुझे बदलने की कोशिश कभी मत करना'. लेकिन मैं बहुत कन्फ्यूज था. मुझे नहीं पता था कि क्या सही है."
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नीलम के लिए अपने प्यार के बारे में गोविंदा ने कहा, "नीलम उस तरह की औरत है जिस पर कोई भी आदमी अपना दिल हार जाता. मैंने भी अपना दिल हार दिया." गोविंदा ने यह भी बताया कि उनका सुनीता के साथ सीरियस होने का कोई प्लान नहीं था और वह सिर्फ़ "घूमने के लिए एक लड़की ढूंढ रहे थे." "उस समय मैं सुनीता से मिला. मैं मानता हूं कि उसके साथ मेरा रिश्ता मेरी तरफ से पूरी तरह से सोचा-समझा कदम था और इसके लिए मुझे भारी कीमत चुकानी पड़ी."
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इस बीच, नीलम ने 2000 में यूके के बिजनेसमैन ऋषि सेठिया से शादी की और कुछ समय बाद ही तलाक हो गया. उन्होंने नेटफ्लिक्स शो फैबुलस लाइव्स वर्सेज बॉलीवुड वाइव्स सीज़न 3 में अपने पूर्व पति के बारे में खुलकर बात की. अपनी शादी के खराब दौर को याद करते हुए उन्होंने कहा, "मुझे इंडियन कपड़े पहनने, नॉन-वेज छोड़ने और शराब न पीने के लिए कहा गया था. सब कुछ ठीक था, लेकिन अपनी पहचान बदलना, यह मुझे मंज़ूर नहीं था."नीलम ने 2001 में समीर सोनी से शादी की और 2013 में कपल ने अपनी बेटी अहाना को गोद लिया.