अयंगर को 1991 में पद्मश्री, 2002 में पद्मभूषण और 2014 में पद्मविभूषण से नवाजा गया था। प्रधानमंत्री नरेंद्र मोदी ने बीकेएस अयंगर के निधन पर दुख जताते हुए ट्वीट किया है कि आने वाली पीढ़ियां श्री बीकेएस अयंगर को एक ऐसे गुरु, विद्वान और प्रतिष्ठित हस्ती के रूप में याद रखेगी, जिन्होंने दुनिया भर में लोगों को योग के लिए प्रेरित किया।