कलंक की कहानी देश के बंटवारे के वक़्त घटती है जहां देव की पत्नी सत्या को पता चलता है की कैन्सर की वजह से जल्दी ही उसकी मृत्यु होने वाली है तो वो अपने पति की शादी रूप से करा देती है ताकि रूप सत्या की मृत्यु के बाद उसके पति का ख़याल रख सके, लेकिन रूप को हो जाता है यहां एक लड़के से प्यार. जिसका नाम जफर है लेकिन जफर के मन में हैं नफ़रत और बदले के भावना, रूप के पति और ससुर के प्रति, पर ऐसा क्यों है इसका जवाब फिल्म में ही मिलेगा और यहां देखों फ़िल्म की खामियाँ और खूबियां।