बाद मयूरी कई और फिल्मों में नजर आईं, जिनमें नसीब, बेताबी, होगी प्यार की जीत जैसी फिल्में शामिल हैं. इन फिल्मों में वह बड़े स्टारकास्ट के साथ दिखीं, लेकिन वे फिल्में बॉक्स ऑफिस पर कुछ खास नहीं कर पाईं. फिल्में न चलने के बाद उन्हें काम मिलना लगभग बंद हो गया. ऐसे में मयूरी ने साल 2009 तक फिल्मी दुनिया को अलविदा कह दिया. मयूरी कांगो आखिरी बार फिल्म ‘कुर्बान' में नजर आई थीं, जिसमें उनका रोल छोटा सा था. इस फिल्म में सैफ अली खान और करीना कपूर लीड रोल में थे, जबकि वह साइड रोल में थीं.
फिल्मों के सफलता न मिलने के बाद उन्होंने टीवी का रूख किया और कहीं किसी रोज, डॉलर बहू, किटी पार्टी, कुसुम, करिश्मा-द मिराकल ऑफ डेस्टिनी जैसे टीवी सीरियल्स में नज़र आईं. लेकिन 2004 में मयूरी ने टीवी इंडस्ट्री को भी अलविदा कह दिया.
मयूरी ने एनआरआई आदित्य ढिल्लन से साल 2003 में शादी की औऱ वह न्यूयॉर्क शिफ्ट हो गईं. साल 2011 में मयूरी को एक बेटी हुई. रिपोर्ट्स के मुताबिक मयूरी ने अमेरिका के एक बिज़नेस स्कूल से एम.बी.ए किया और 2019 से गूगल इंडिया में इंडस्ट्री हेड के पद पर काम कर रही हैं.