रक्षा मंत्रालय के एक पूर्व अधिकारी ने रफ़ाल पर सरकार के रुख़ को चुनौती दी है. द हिंदू अख़बार में छपे एक लेख में रफ़ाल के सौदे के लिए हो रही बातचीत में प्रधानमंत्री कार्यालय की दख़लअंदाज़ी पर रक्षा मंत्रालय के एतराज़ों को उजागर किया गया था. इसके जवाब में सौदे के लिए प्रमुख वार्ताकार ने कहा था कि PMO दाम तय करने में शामिल नहीं था बस संप्रभुता गारंटी के मामले में शामिल था, लेकिन NDTV के श्रीनिवासन जैन से ख़ास बातचीत में रफ़ाल सौदे के समय रक्षा मंत्रालय के वित्तीय सलाहकार सुधांशु मोहंती का कहना है कि रक्षा सौदों की बातचीत में किसी तरह की दख़लअंदाज़ी नियमों के ख़िलाफ़ है.