अटल बिहारी वाजपेयी सरकार में रेलमंत्री के रूप में नीतीश ने गोधरा बाद के दंगों की आलोचना नहीं की थी और एनडीए सरकार में बने रहे। 2003 में उन्होंने नरेंद्र मोदी की प्रशंसा की थी और कहा कि भविष्य में वह राष्ट्रीय राजनीति में महत्वपूर्ण भूमिका निभाएंगे।