मालेगांव में 2008 में हुए बम विस्फोट में छह लोगों की मौत और सैकड़ों लोग घायल हुए थे. महाराष्ट्र एटीएस ने आरोपियों को गिरफ्तार कर मकोका और यूएपीए सहित कई कड़ी धाराओं के तहत मामला दर्ज किया था. एनआईए ने 2011 में जांच अपने हाथ में लेकर कई आरोपियों को गिरफ्तार कर मामले की गहन जांच की थी.