असदुद्दीन ओवैसी ने मालेगांव ब्लास्ट केस में आरोपियों के बरी होने पर सवाल उठाते हुए न्याय की कमी बताई है. उन्होंने कहा कि हेमंत करकरे के जीवित होने पर मालेगांव केस का परिणाम भिन्न और बेहतर होता. ओवैसी ने मांग की कि भारत सरकार एनआईए को मालेगांव ब्लास्ट केस में अपील करने की अनुमति दे.