उन्होंने ब्राह्मणों के अपमान और सवर्ण वर्ग के खिलाफ यूजीसी की गाइडलाइन को असंवैधानिक और विषम बताया है इस्तीफे में उन्होंने प्रशासन द्वारा शिष्यों के साथ की गई बेरहमी को मानवता के अपमान के रूप में स्वीकार किया अलंकार अग्निहोत्री ने सवर्ण वर्ग का प्रतिनिधित्व करने के लिए वैकल्पिक राजनीतिक व्यवस्था बनाने की बात भी कही है
