स्वयंभू बाबा स्वामी चैतन्यानंद पर मानसिक, शारीरिक और भावनात्मक प्रताड़ना समेत कई गंभीर आरोप लगे हैं. पीड़ित छात्रा ने बताया कि बाबा उसे ऑफिस में अकेले बुलाकर छेड़खानी करता और अश्लील मैसेज भेजता था. बाबा ने छात्रा का मोबाइल छीन लिया और हॉस्टल में अकेले रहने पर मजबूर कर उससे बातचीत पर पाबंदी लगाई थी.