अविमुक्तेश्वरानंद पर नाबालिग के यौन शोषण के आरोपों में उत्तर प्रदेश पुलिस ने एफआईआर दर्ज की है. अविमुक्तेश्वरानंद को शंकराचार्य नियुक्त किया गया था, लेकिन उनकी नियुक्ति को लेकर SC में केस चल रहा है. अक्टूबर 2022 में सुप्रीम कोर्ट ने ज्योतिर्मठ के नए शंकराचार्य के रूप में उनकी नियुक्ति पर रोक लगाई थी.