मुंबई की विशेष अदालत ने मालेगांव बम धमाके के सभी आरोपियों को सबूतों के अभाव में बरी कर दिया था. साध्वी प्रज्ञा ने अदालत के बाहर पहली बार एटीएस पर मोदी और योगी को फंसाने का आरोप लगाया था. 2008 के हलफनामे में प्रज्ञा ने एटीएस की हिरासत में हुई प्रताड़ना का जिक्र किया था, लेकिन मोदी योगी का नहीं.