मालेगांव में 29 सितंबर 2008 को रमजान के दौरान एक बम धमाका हुआ था. इसमें छह लोगों की मौत हो गई थी. धमाके के लिए इस्तेमाल की गई बाइक प्रज्ञा सिंह ठाकुर के नाम पर थी लेकिन अदालत ने इसे ठोस सबूत नहीं माना. महाराष्ट्र पुलिस की एटीएस ने सेना के कर्नल प्रसाद पुरोहित और मेजर (रिटायर) रमेश उपाध्याय को गिरफ्तार किया था.