डॉक्टर शाहीन की शादी अरेंज मैरेज थी और 2012 में उसका तलाक हो गया था. डॉक्टर शाहीन को जैश-ए-मोहम्मद की महिला विंग जमात उल मोमीनात की भारत में कमान सौंपी गई थी शाहीन ने कानपुर के मेडिकल कॉलेज में असिस्टेंट प्रोफेसर के रूप में काम किया और 2013 में अचानक गायब हो गई