गौतम पाकिस्तानी खुफिया एजेंसी आईएसआई के एजेंट के संपर्क में थे. राष्ट्रीय जांच एजेंसी (NIA) ने बांबे हाई कोर्ट में ये दावा किया. नवलखा ISI एजेंट गुलाम नबी फई के नियमित संपर्क में थे.