सरकार ने अल फलाह यूनिवर्सिटी के खातों का फॉरेंसिक ऑडिट कराने तथा ईडी जांच के आदेश दिए हैं. इसके अलावा आर्थिक अपराध शाखा को यूनिवर्सिटी के कामकाज की समीक्षा का आदेश दिया गया है. दिल्ली के लाल किले के पास हुए धमाके में इस यूनिवर्सिटी से जुड़े तीन चिकित्सक गिरफ्तार हुए हैं.